Fusing prior knowledge with microbial metabolomics

Het gebruik van voorkennis bij de studie naar de stofwisseling van micro-organismen kan veel opleveren. Maikel Verouden onderzocht en beschreef het gebruik van voorkennis in verscheidene stappen van zo’n studie.
Allereerst beschreef Verouden het gebruik van voorkennis om data onder verschillende gesimuleerde laboratoriumomgevingsomstandigheden in de computer te genereren voor het bestuderen van bacteriële stofwisseling. Het op deze wijze genereren van data is voordelig, omdat data voor het beantwoorden van een specifieke biologische vraag niet altijd experimenteel te verkrijgen of soms erg kostbaar is.
Vervolgens demonstreerde Verouden het gebruik van voorkennis in de datavoorbewerking aan de hand van een nieuwe schalingsmethode die gedeeltelijk de ruis verwijdert. Hierdoor kunnen andere schalings- en algemeen gebruikte data-analysemethoden gebruikt worden, die anders door de structuur van de data niet aan te raden zouden zijn. Het voordeel van gebruik van voorkennis in data-analyse toont Verouden aan voor twee methoden, waarbij de eerste gebruikmaakt van het experimenteel ontwerp en de tweede van de verwachte gladheid van onderliggende dynamische profielen. De eerste methode liet minder overfit zien en beide methoden toonden verbeterde modelschatting bij gebruik van voorkennis.