Po-Chia Hsia, R., & van Nierop, H. F. K. (2002). Calvinism and Religious Toleration in the Dutch Golden Age. Cambridge University Press.
van Nierop, H. F. K. (2002). Het raadsel van de Nederlandse Republiek [Review of: Maarten Prak (2002) Gouden Eeuw: Het raadsel van de Republiek]. Ons Erfdeel, 45(4), 626-627.
van Nierop, H. F. K. (2001). Alva's Throne - making sense of the Revolt of the Netherlands. In G. Darby (Ed.), The Origins and Development of the Dutch Revolt (pp. 29-47). Routledge.
van Nierop, H. F. K. (2001). The nobles and the Revolt. In G. Darby (Ed.), The Origins and Development of the Dutch Revolt (pp. 48-66). Routledge.
van Nierop, H. F. K. (2001). Oranje boven: Willem van Oranje als zinnebeeld van de natie. In Willem van Oranje lezing 2001. Cultuur, samenleving en bestuur (pp. 7-25). Gemeente Delft.
Dorren, G. M. E. (2001). Eenheid en verscheidenheid. De burgers van Haarlem in de Gouden Eeuw. [Thesis, fully internal, Universiteit van Amsterdam]. Prometheus/Bert Bakker.
Schmidt, A. (2001). Overleven na de dood. Weduwen in Leiden in de Gouden Eeuw. [Thesis, fully internal, Universiteit van Amsterdam]. Prometheus/Bert Bakker.
van Nierop, H. F. K. (2000). Jonathan Israel: The Dutch Republic, 1995. In De oogst. Denkers die ons wereldbeeld veranderden (pp. 430-433). Prometheus/ NRC Handelsblad.
van Nierop, H. F. K. (2000). Het foute Amsterdam. Rede uitgesproken bij de aanvaarding van het ambt van hoogleraar in de Nieuwe Geschiedenis aan de Universiteit van Amsterdam op vrijdag 13 oktober 2000. Vossiuspers AUP.
van Nierop, H. F. K., Bakker, M., Kistemaker, R., Vroom, W., & Witteman, P. (2000). Amsterdam in de tweede Gouden Eeuw. Toth/Genootschap Amstelodamum.