A multi-scale approach for deciphering HIV infection

Gökhan Ertaylan onderzocht met van computationele technieken de algemene moleculaire kenmerken van een hiv-infectie. Daarna beschrijft hij het type cel dat wordt beïnvloed gedurende de infectie. Ook bestudeerde Ertaylan hoe verschillen tussen individuele patiënten kunnen leiden tot verschillende uitkomsten in ziekteprogressie. Hij concludeert dat een infectie met hiv leidt tot een herprioritering van cellulaire processen. In het bijzonder worden de transcriptie en proteasoomvorming belangrijker. Ertaylan stelt daarom dat tijdens de evolutie van hiv, sommige interacties tussen hiv en cellulaire processen gunstiger waren voor het virus en daarom geconserveerd zijn. Dit resulteerde in een systeem waar virusproteïnen interactie hebben met centrale menselijke proteïnen voor directe controle, en met proteasomale proteïnen voor indirecte controle over de cellulaire processen. Ertaylan vond tevens 21 surface membrane proteins die mogelijk de hiv-infectie in verschillende cel- en weefseltypen toestaan, gelijk houden of bevorderen. Hij concludeert dat deze bevindingen een vruchtbare ondergrond vormen voor toekomstig onderzoek naar de rol van surface membrane proteins bij hiv-infectie. Hij benadrukt dat het van belang is om bij medisch onderzoek voor hiv ook te bepalen wat de concentraties van verscheidende celtypes zijn. Ertaylan veronderstelt namelijk dat verschillende concentraties zullen leiden tot verschillende dominante virustype.